科學世界存在著超能力，宗教的世界存在著魔法。一邊是擁有超先進科技、充滿著機械的學園都市，另一邊則是布滿著聖經和鍊金術的魔法世界，由看似無法相容的現實和非現實混合而成的世界。 學園都市位於東京都西部的封閉都市中，學生占到了總人口的八成，「超能力開發」被列為絕大多數學生的必修課，在Level 0到Level 5的等級排名上相互競爭。 上条 當麻是學園都市的一名高中生，不幸地，當麻被評定為無能力者；但他的右手有著能將一切異能消除的不明力量，他本人稱其為「幻想殺手」，似乎是連同神的祝福一同抹殺的關係，他每天都過著不幸的生活。暑假的某一天，在宿舍的陽台上，當麻遇見了一位掛在陽台欄杆上的修女，她自稱