在《Fairy gone》世界中，有著能將妖精作為兵器所操使的「妖精兵」存在。而在故事中，距離戰爭 9 年後那不穩定的政局，因戰爭受到傷害展開復仇的恐怖份子因此出現。過去故鄉被戰爭毀滅的主角「瑪莉亞 諾耶爾」，為了阻止同樣在那時候活下來卻選擇成為復仇者的「維洛妮 卡伊」，因此加入了取締違法妖精機構「Dorothea」……