神秘的忍者軍團襲擊木葉忍村！原來他們是「空之國」忍者—空忍，從前被木葉消滅的國家。他們用上現代化兵器展開排山倒海的攻勢，令到木葉瀕臨滅國危機。醫術高明的神農及其徙弟亞丸到達木葉，希望木葉首領—綱手派出忍者小隊，前往亞丸的故鄉拯救鄉民。原來空忍亦襲擊亞丸的故鄉，尋找空忍的舊時總部遺址。　木葉首領—綱手於是命令奈良鹿丸和旗木卡卡西等人反擊空忍，而漩渦鳴人和春野櫻則跟隨神農回到亞丸的故鄉，發現了空忍的總部遺址，可是神農卻被空忍殺死了。另一方面，背叛了木葉的宇智波佐助受命於大蛇丸，也同時向亞丸的故鄉進發。在遺址內，快戰死的鳴人和佐助終於重聚了！佐助面對從前的鳴人和戰友們，到底是敵還是友？空忍襲擊目的