自從發生由「黑色騎士團」帶頭發動的日本人集體反抗事件「黑色叛亂」後，已經過了一年。當時成為決戰場的東京租界已展開重建，新任總督也對被歧視為「11區人」的日本人進行徹底的高壓統治。 一名來自不列顛尼亞的少年魯路修‧蘭佩洛基，目前正就讀於阿什弗德學園，體育老師維蕾塔每天都會來抓他去補習，但他對於漸漸恢復平靜的這種日常生活卻感到沒什麼興趣。某天，魯路修為了追求不同的刺激，與弟弟一起前往在神殿塔上舉行的西洋棋賭博比賽。就在此時，一艘飛行船正朝著鐵塔飛來，而這正是在卜部與C.C.的率領下，由黑色騎士團殘存部隊所策劃的絕地大反攻作戰之開始。