故事背景於1889年法國巴黎萬國博覽會，描述在艾菲爾鐵塔上相遇的兩人～擁有神秘藍寶石的馬戲團少女「娜汀亞」（台譯：蘭麗雅）、愛好飛機和發明的少年「約翰」（台譯：志強），以及娜汀亞的小獅子好友「小獅王」周圍發生的故事。 　　　娜汀亞和約翰從覬覦她所持神秘藍寶石的「葛蘭蒂斯」三人組手中逃跑，並開始了娜迪亞的尋找故鄉之旅。途中，他們巧遇邪惡組織「尼奧亞特蘭帝國」的總統卡格伊所占據的島嶼上倖存的小女孩「瑪莉」（台譯：芭比）。但是，娜汀亞、瑪莉和小獅王被卡格伊拐走。為了拯救他們，約翰和葛蘭蒂斯一行人聯手，並且和萬能潛水艇鸚鵡螺號及尼莫船長等人相遇，最終還被捲入了和卡格伊的戰鬥。 　　　本作品的主要構