時代是戰國時代。在代代祖先都是平凡忍者的家庭中出生的亂太郎，為了達成父母希望他成為一流忍者的願望，進入了忍術學園就讀。他在學園中認識了在邊境經商的富商兒子新兵衛，還有即使在戰爭中失去父母，依然勇敢活下去的霧丸。忍術學園的學生被稱為忍者的蛋，也就是所謂的「忍蛋」。在學園中，有著曾經是神祕天才忍者的學園長、個性獨特的老師和學長們、以及有點難相處的「九之一女忍者教室」中的女孩子們、還有忍犬黑木黑木等人物，每天都熱鬧不已！亂太郎等三人組不管是上課還是考試，總是失敗連連，還老是做一些不正經的事情。他們要成為出色的忍者，還得走上好長一段路，但是忍蛋的每一天，總是過得開朗有趣又愉快！