《鋼之鍊金術師》的舞台設定在在一個鍊金術相當發達的世界。在這個世界的鍊金術是必須按照「等價交換」來理解、分解、再構造成立。在這背景之下，想讓母親復活的愛德跟阿爾兩兄弟，使用了禁忌的人體鍊金術。 　　但由於鍊成失敗使得愛德失去了左腳，阿爾失去了身體。於是愛德犧牲了右手，將阿爾的靈魂安置在盔甲裡，而後為了取回失去的東西，他們決定踏上尋找「賢者之石」的旅程。